A török ellen zajló 15 éves háború (1591-1606) sikereit a Habsburgok két országrész egyesítésére akarták felhasználni. Giorgio Basta császári generális vezetésével Erdélybe császári csapatok vonultak s 1603. nyarán átvették a hatalmat. Basta azonban vasvesszővel kormányozta az erdélyieket. A protestánsokat üldözte, a népre pedig megfizethetetlen hadisarcot vetett ki. "Erdély népe olyan szegénységre jutott, hogy kapával törte fel a földet a gabonamagvak számára. Ezt innét Basta ekéjének mondották" - írta egy szemtanú. Hamarosan a királyi Magyarország nemességének is elege lett a Habsburgok uralmából.
A háborúban kiürült királyi kincstárat Rudolf a magyar uraktól elvett birtokok bevételeiből akarta feltölteni. A kiszemelt főurakat hűtlenséggel vádolta és elkobozta birtokaikat (különösen nagy felháborodást keltett az 1603-as, Illésházy István ellen indított per). Csak olaj volt a tűzre, hogy Rudolf katonái erőszakkal elvették a protestánsok templomait és átadták azokat a katolikusoknak. Kassán Belgiojoso gróf kassai főkapitány ágyúkat hozatott a főtérre, s így kényszerítette a városi tanácsot, hogy a lutheránusok kezén lévő Szent Erzsébet székesegyházat adják át a katolikusoknak. De Rudolfnak ez sem volt elég. 1604. tavaszán a pozsonyi országgyűlés végzéseihez utólagosan egy 22. pontot (hamis artikulus) is hozzáíratott, amely megerősítette a korábbi protestánsellenes törvényeket és megtiltotta, hogy az országgyűléseken ezentúl vallási kérdéseket tárgyaljanak. Mivel a király csak a magyar rendekkel közösen hozhatott törvényt, a 22. törvénycikk hamisításnak számított. A pohár betelt.
Bocskai István
Az elégedetlenek élére Bocskai István állt. Bocskai néhány évvel korábban még a Habsburgok pártján állt, de a császári politika tehetetlenségét látva a törököknél kezd tapogatózni, mire a Habsburgok fiskális pert indítanak ellene (melyre az szolgált ürügyül, hogy szeptember 19-én Belgiojoso kezére jutott Bocskai levelezése az erdélyi emigránsokkal). Giacomo Barbiano Belgiojoso kassai főkapitány és Cyprian Conti váradi alparancsnok vezetésével támadást indítanak Bocskai ellen. 1604. október 15-én Bocskai a császári seregből átállt - Lippay Balázs, Németi Balázs és Szilassy János kapitányok által vezetett - hajdúkkal Álmosd és Diószeg határánál legyőzte Belgiojoso csapatait. Belgiojoso Kassa felé vonul vissza, de a város egyszerűen bezárja előtte kapuit. Néhány hét alatt Váradtól Kassáig Bocskai lett az úr. 1604. november 12-én Kassán részországgyűlést tartanak, melyen a rendek pénzt és katonát szavaznak meg a hacra. Basta november 17-én Osgyán, november 28-án pedig Edelény mellett mér vereséget a hajdúkra, de a meginduló ellentámadás egészen Rimaszombatig jut előre. A gyors sikerek láttán az erdélyiek 1605. február 21-én Marosszeredán fejedelmüknek ismerték el Bocskait. Április 20-án a szerencsi országgyűlésen a magyarországi rendek is fejedelmükké választották. 1605. december 12-én Bocskai 9254 hajdújának kollektív nemesi jogokat és adómentességet kap a fegyveres szolgálat fejében és Szabolcs vármegye déli részén (Kálló, Nánás, Dorog, Varjas, Hadháza, Vámospércs, Sima, Vid) telepíti le őket. A Dunántúlon a Némethy Gergely vezette hajdúk érnek el sikereket (Sümeg, Körmend, Sziszek, Kőszeg, Veszprém, Palota, Tata). Némethy meghódolásra szólítja fel Krajnát, Karintát és Stájerországot, amit azonban Bocskai helytelenít.
1605. novemberében Lalla Mehmed nagyvezír a szultán nevében díszes koronát küldött Bocskainak, ő azonban - bár a koronát nem küldte vissza - nem koronáztatta meg magát, mert nem akart végleg szakítani a Habsburgokkal. A török szövetséget csak kényszerűségből vállalta, mert belátta, hogy nem harcolhat egyszerre két császár ellen. Bocskai azt is hamar felismerte, hogy győzelmeit a törökök kihasználják, ezért mielőbb igyekezett megegyezni Rudolf királlyal. Hónapokig tartó tárgyalások után, 1606. június 23-án kötötték meg a bécsi békét. A béke rendezte a vallási sérelmeket, érvénytelenítette a 22. törvénycikket, s megengedte, hogy a főurak, a nemesek, a városok és a végváriak szabadon gyakorolják vallásukat (tkp. - a mezővárosi parasztság kivételével - vallásszabadságot adtak a protestánsoknak). A Habsburgok elismerték Erdély függetlenségét és számos területet - köztük Tokajt, Ung-, Szatmár-, és Bereg-megyét is - a Fejedelemséghez csatoltak. Előírták a törökkel kötendő békét. Bocskai közvetítésével a bécsi udvar és a porta 1606. november 11-én megkötötte a 15 éves háborút lezáró zsitvatoroki békét. Ebben az egyezményben a fennálló helyzetet szentesítették.
Bocskai István 1606. december 29-én meghalt. Végrendeletében megfogalmazta, hogy szükség van egy magyar fejedelmet Erdélyben fenntartani mindaddig, amíg a magyar korona idegen kézen van. Ha azonban újra magyar királyt választanak, akkor Erdélyt és a Királyi Magyarországot egyesíteni kell.
